Με απόφαση της πειθαρχικής επιτροπής της ΕΠΟ η ομάδα του ΑΟ ΧΑΝΙΑ τιμωρείται με αφαίρεση 2 βαθμών από το πρωτάθλημα 2015-2016 και με αφαίρεση άλλων δύο βαθμών από την επόμενη αγωνιστική περίοδο 2016-2017 καθώς δεν αγωνίστηκε στον ημιτελικό κυπέλλου με τον ΠΑΟΚ στη Χαλκίδα.
Έτσι με 19 βαθμούς τα ΧΑΝΙΑ ισοβαθμούν τόσο με την ΑΕ ΓΛΥΦΑΔΑΣ αλλά και με τα ΤΡΙΚΑΛΑ 2011. Από αυτή την τριπλή ισοβαθμία υπερτερεί στα μεταξύ τους παιχνίδια η ΑΕ ΓΛΥΦΑΔΑΣ η οποία τελικά είναι και η 'τυχερή' των εξελίξεων και θα παραμείνει στην Α' Εθνική.
Ο ΑΟ Χανίων υποβιβάζεται στη Β' Εθνική και θα αγωνιστεί με μεγάλη πιθανότητα στον όμιλο που συγκροτούν οι ομάδες της Αττικής μαζί με τις ομάδες από την Κρήτη και τη Ρόδο.